গৌরাঙ্গ মহাপ্রভুর মৃত্যু বা অন্তর্ধান রহস্য আজও একটি বিতর্কিত বিষয়। বিভিন্ন জীবনীকার ও গবেষকদের মধ্যে এ নিয়ে মতভেদ রয়েছে। কেউ কেউ মনে করেন তিনি জগন্নাথ দেবের মূর্তিতে মিশে গিয়েছিলেন, আবার কেউ বলেন তিনি সমুদ্রে ডুবে গিয়েছিলেন। কিছু মতানুসারে, পুরীর পাণ্ডাদের দ্বারা তিনি অপহৃত বা নিহত হয়েছিলেন।
গৌরাঙ্গ মহাপ্রভুর মৃত্যু বা অন্তর্ধান নিয়ে কিছু প্রচলিত মতবাদ:
- জগন্নাথের মূর্তিতে লীন হওয়া:
কিছু বিশ্বাস অনুযায়ী, মহাপ্রভু জগন্নাথ দেবের মূর্তিতে লীন হয়ে গিয়েছিলেন। তাঁর দেহ আর খুঁজে পাওয়া যায়নি। - সমুদ্রে ডুবে যাওয়া:
কেউ কেউ বলেন, মহাপ্রভু দিব্যোন্মত্ত অবস্থায় সমুদ্রের দিকে হেঁটে যান এবং সাগরে ডুবে যান। - হত্যা:
কিছু গবেষক ও কিংবদন্তী অনুসারে, পুরীর পাণ্ডারা (“মালীবুড়ো”) তাঁকে হত্যা করে থাকতে পারে, কারণ তাঁদের মধ্যে এইরকম একটি প্রবাদ প্রচলিত আছে। তাঁদের পূর্বপুরুষরা নাকি এই কাজটি করেছিলেন। - আত্মহত্যা:
কেউ কেউ মনে করেন, রথযাত্রার সময় পায়ে আঘাত পাওয়ার পর তিনি সেপ্টিসেমিয়ায় আক্রান্ত হয়ে আত্মহত্যা করেন। এইসব মতবাদ ছাড়াও, মহাপ্রভুর অন্তর্ধানের পেছনে আরও কিছু কারণ থাকতে পারে বলে মনে করা হয়, যেমন:
বৈষ্ণব ধর্মের সঙ্গে তৎকালীন ব্রাহ্মণ সমাজের দ্বন্দ্ব-সংঘাত।
মহাপ্রভুর পার্ষদদের মধ্যে মতবিরোধ।
কিছু গবেষকের মতে, মহাপ্রভুকে গুম করা হয়েছিল।
এইসব কারণে, মহাপ্রভুর মৃত্যু বা অন্তর্ধানের আসল কারণ আজও একটি রহস্য হয়েই আছে।